Растворы для препаративной работы с ДНК необходимо готовить на mQ (ультрачистая вода I типа с сопротивлением 18 МОм). В то же время, буферы для электрофореза и клеточные среды готовят на дистиллированной воде. Чтобы избежать зароста и связанной с этим кантаминацией ДНК/нуклеазами/протеазами, растворы, как правило, стерилизут. Наиболее универсальный способ стерилизации - фильтрация через бактериальные фильтры, для чего требуются сами фильтры и подходящие шприцы, в некоторых случаях насос. Наиболее простой способ - автоклавирование, правда необходимо убедиться, что вещество переносит нагревание, о чем должно быть сказано в описании производителя.
Перед приготовлением раствора убедитесь, что под руками есть подходящая посуда. Если чистота имеет принципиальное значение (особенно при приготовлении культуральных сред), то посуду необходимо заранее простерилизовать. Стеклянную посуду без пластиковых деталей стерилизуют в сухожарном шкафу, пластик и бутылки с пластиковыми крышками стерилизуют в автоклаве. Растворы после стерилизации помещают только в стерильные емкости.
Перед использованием всегда проверяйте стоковые растворы на присутсвие осадка. Некоторые вещества имеют свойство выпадать в осадок из водных растворов. Это свойственно растворам с SDS, DTT, NaDOC. При концентрации выше 1% SDS выпадает в осадок при температурах ниже комнатной. В случае образования осадка раствор следует нагреть. Если осадок пропал, то раствор можно спокойно использовать. Если раствор зарос плесенью, то осадок не растворится. В случае крайней необходимости заросший раствор можно и отфильтровать. Но не стоит использовать заросшие растворы для препаративной работы.
Если по какой-то причине стандартные протоколы, которые ранее давали нормальный результат, перестали работать, то это верный знак, что стоит переделать стоковые растворы. Размножение микроорганизмов в стоковых растворах (например, лизирующих буферах) может приводить к кантаминации ДНК, нуклеазами, протеазами. Некоторые вещества имеют ограниченный срок хранения, например, HEPES подвергается окислению, а щелочные растворы со временем впитывают CO2 из воздуха с образованием карбоната и сдвигом pH.