Для амплификации молекул ДНК перед секвенированием к молекулам с обоих сторон прикрепляются адаптеры - универсальные последовательности, предназначенные для отжига праймеров и затравок для секвенирования. Если длина фрагмента ДНК, встроенного между адаптерами, меньше длины прочтения, то последовательность адаптера неизбежно войдет в состав осеквенированного рида. Cutadapt изначально создавался как инструмент, предназначенный для удаления адаптеров из прочтений. Со временем спектр возможностей Cutadapt многократно расширился, сделав эту программу одним из самых популярных приложений в биоинформатике. Сейчас Cutadapt позволяет проводить практически любые манипуляции с прочтениями, включая обрезку (trimming), фильтрацию по качеству (quality filtering), переименование. Сюда добавлены возможности по обработке баркодов, включая демультиплексирование, что делает этот инструмент крайне полезным для массового параллельного репортерного анализа.
Советую использовать только Anaconda. В мануале приведено гораздо больше вариантов.
conda install cutadapt