Higlass - один из самых популярных геномных браузеров, предназначенный для удобного просмотра контактных матриц HiC. Является альтернативой Juicebox. Работает с HiC-картами в формате mcool.
Higlass представляет собой интерактивный веб-браузер, написанный на языке Javas Sript. Благодаря этому окно браузера можно интегрировать в html-страницы, но такой способ подходит только для тех, кто имеет опыт работать с технологией JavaScript API. Авторы также интегрировали браузер в библиотеку Python, что позволяет открывать окно браузера внутри сессии Python. Это удобно для тех, кто предпочитает анализировать данные в среде разработки Jupyter. Кроме того, авторы создали серверную версию Higlass, что позволяет запускать браузер либо на локальной машине, либо на сервере института. Серверное приложение открывается в интернет-браузере по ссылке и дает возможность пользователям добавлять профили в сессию в интерактивном режиме.
Стоит обратить внимание, что хотя интерфейс программы интуитивный, установка, управление данными и настройка Higlass на рабочей станции может оказаться огромной головной болью особенно для людей, не обладающих навыками программирования. Авторы, по-видимому, не ставили перед собой задачу сделать управление Higlass дружелюбным. Это видно по качеству написания официальной документации, которая содержит несостыковки, и практически не описывает детали. Поэтому требуется немало времени, чтобы разобраться, как заставить эту штуку работать. В силу этого ниже дан более-менее подробный алгоритм по установке Higlass, также описаны некоторые наиболее часто встречающиеся задачи.
Установка пакетов Higlass для Python и Jupyter возможна только на системе Linux. Даже в Anaconda. Даже если очень захотеть. Для пользователей Windows Higlass доступен только через интерфейс docker или путем соединения с Higlass-сервером (по URL-ссылке или через JavaScript API).
По мере знакомства с документацией Higlass может возникнуть ощущение, что программа создавалась несколькими коллективами разработчиков параллельно. В результате, разделы документации были написаны разными людьми и размещены на разных ресурсах без внятной структуры. По этой причине знакомство с этой программой может обернуться огромной головной болью, так как придется провести немало времени, блуждая по перекрестным ссылкам. Ниже даны ссылки на источники, которые могут очень пригодится.
Краткое описание программы от разработчиков и связанные утилиты на GitHub
Официальная документация higlass доступна по ссылке https://docs.higlass.io. К сожалению, в этой документации описаны команды терминала Linux. Поэтому, если вы не разбираетесь в том, как работает Docker, и собираетесь работать с Higlass на Windows, то написанные в этой документации команды могут оказаться абсолютно бесполезными.
Для пользователей Windows нужно обратить внимание на документацию в разделе wiki на GitHub. Обратите внимание, что ссылки на содержание wiki-раздела даны в правой части экрана.
Краткое описание программы Higlass в книге 3DGenome
Подробное описание интерфейса от создателей программы
Презентация от создателей курса Hi-C Data Analysis Bootcamp (Harvard Medical School)